В некоторых версиях Gnome (2.21.90?), если вы переместите директорию ~/.wine в мусорную корзину, и затем опустошите корзину, все записанное в корневой директории также удаляется (включая содержимое вашей домашней директории). Говорят, что эта ошибка исправлена в версии Gnome 2.21.92.
Хренасебе, ошибочка... Такая прямо безобидная)